Eduard Kutrowatz studierte gemeinsam mit seinem Bruder Johannes Klavier am Joseph-Haydn-Konservatorium Eisenstadt bei Uwe Wolff und an der Universität für Musik und darstellende Kunst Wien. Zusätzlich absolvierte er Studien in Schlagwerk, Chordirigieren und Gesang. Seit 1987 lehrt er an der mdw Wien.
1984 gründete er mit seinem Bruder das KlavierDuo Kutrowatz, das mit über 1.000 Konzerten in mehr als 30 Ländern und einem Repertoire von über 300 Werken zu den international erfolgreichsten Klavierduos zählt. Seit 2009 sind Eduard und Johannes Kutrowatz Intendanten des Internationalen Liszt Festivals Raiding am Geburtsort Franz Liszts.
Sein solistisches Repertoire konzentriert sich auf die Romantik und den Jazz; daneben prägen umfangreiche Kammermusik- und Liedbegleitungstätigkeit sowie eigene kompositorische Arbeiten sein Schaffen.